Urbano II (1088-1099) giungerà a Bari una prima volta nel 1089 per riporre le reliquie del Santo sotto l'altare della Cripta. Vi ritornerà nel 1098 per presiedere un sinodo locale, conosciuto come il "Concilio di Bari", al quale parteciperà il futuro Papa Pasquale II che subentrò a Urbano II e che regnò fino al 1118.
Callisto II raggiungerà Bari nel 1120 per liberare Costanza, vedova di Boemondo, dalla prigionia cui l'aveva costretta Grimoaldo. Non è certo se in quella occasione rese omaggio alle reliquie di San Nicola.
Anacleto II (1130-1138), eletto (anti)papa, nel 1130 verrà a Bari per un Concilio che sarà poi celebrato in altra sede. Avrà senz'altro venerato le reliquie del Vescovo di Myra, perchè prima di essere eletto Papa era stato Cardinale-diacono di San Nicola in carcere a Roma.
Innocenzo II (1130-1143) verrà a Bari nel 1137 e scriverà una delle pagine più gloriose della Basilica, quando alla presenza dell'Imperatore Lotario celebrerà solennemente la festa della Pentecoste.
Giovanni Paolo II (1978-2005) verrà pellegrino sulla tomba del Santo, il 26 febbraio 1984, dopo aver pronunciato in Basilica un celebre discorso ecumenico e accenderà , insieme con il Metropolita di Myra Chrysostomos Konstantidinis, la lampada uniflamma.
Questo rito sarà ripetuto da Francesco, sabato 7 luglio 2018, con i Patriarchi quale immagine di una Chiesa in comunione.
